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    平台教程丨虚拟筛选化合物库怎么选?

    放大字体  缩小字体 发布日期:2024-10-17 08:57:06   浏览次数:3  发布人:8274****  IP:124.223.189***  评论:0
    导读

    前言在利用殷赋云平台进行高效的虚拟对接分析时,合理选择化合物库是确保研究质量与效率的关键。针对化合物数量的不同,平台提供了智能的推荐策略:当你的化合物库规模超过1万时,建议采用Vina方案数据库,它以其卓越的筛选速度与广泛适用性著称,尤其适合大规模数据集的快速评估;而如果化合物数量少于1万,Dock 6.9方案数据库则是一个更为精细化的选择,它以其高精度的对接算法见长,适用于追求更高对接准确性的研

    前言

    在利用殷赋云平台进行高效的虚拟对接分析时,合理选择化合物库是确保研究质量与效率的关键。

    针对化合物数量的不同,平台提供了智能的推荐策略:当你的化合物库规模超过1万时,建议采用Vina方案数据库,它以其卓越的筛选速度与广泛适用性著称,尤其适合大规模数据集的快速评估;而如果化合物数量少于1万,Dock 6.9方案数据库则是一个更为精细化的选择,它以其高精度的对接算法见长,适用于追求更高对接准确性的研究项目。

    为了进一步帮助你精准决策,下面我们将深入探讨几款主流化合物库的特点及其适用场景。

    01Vina方案的数据库


    Enamine HTS库

    详细信息:175万个化合物,时间约5小时,花费约6000元,陶术生物代理

    特点:专为高通量筛选(HTS)设计,包含大量结构多样的化合物,适合进行大规模的初步筛选。

    适用场景:适合需要快速筛选大量化合物以发现潜在活性分子的研究。


     Enamine Advanced库

    详细信息:45万个化合物,时间约1.6小时,花费约1920元,陶术生物代理

    特点:提供更专注于特定领域或具有特定化学特性的化合物,可能包括更复杂的分子结构或针对特定生物学目标的化合物。

    适用场景:适合已经确定了特定研究方向或需要特定类型化合物的研究。


    ChemDiv

    详细信息:1534367个化合物,时间约4.8小时,花费约5760元,陶术生物代理

    特点:ChemDiv是另一家提供广泛化合物库的公司,其库可能包含大量用于药物发现和化学生物学研究的化合物。

    适用场景:适合需要广泛化学多样性和大量化合物选择的研究。

    如果你的研究需要大规模筛选以快速发现潜在活性分子,且对化合物数量有较高要求,Enamine HTS库可能是一个合适的选择。

    如果你的研究更侧重于特定靶点或疾病领域,且对化合物的质量和筛选标准有较高要求,Enamine Advanced库可能更符合您的需求。

    如果你的研究需要广泛的化学空间覆盖,追求极高的化合物多样性,并希望获得多层次的服务和咨询支持,ChemDiv将是一个不可多得的选择。


    ZINC Natural Product

    详细信息: 127695个化合物,时间约0.5小时,花费约600元,试剂代理商未知,需客户自找

    特点:ZINC是一个免费的化学数据库,提供大量的天然产物和合成化合物。ZINC Natural Product 部分专注于提供天然来源的化合物,这些化合物可能具有已知的生物活性或化学多样性。

    适用场景:适合需要广泛探索天然产物化学多样性的研究,以及那些希望在研究中利用天然产物作为起点的科学家。


     L6020 Selectable Natural Compound 

    详细信息:15812个化合物,时间约0.2小时,花费约240元,陶术生物代理

    特点:这是一个精选的天然化合物库,可能包含经过筛选的、具有特定生物活性或化学特性的天然产物。

    适用场景:适合那些需要特定类型天然产物,并且希望这些化合物已经过一定程度筛选的研究。


    L6030 Natural Product Derivatives Library


    详细信息:163103个化合物,时间约0.83小时,花费约1000元,陶术生物代理

    特点:这个库专注于天然产物的衍生物,即通过化学修饰得到的化合物,这些衍生物可能具有改善的生物活性、药代动力学特性或降低的毒性。

    适用场景:适合需要对天然产物进行结构优化或希望探索天然产物化学空间的研究。

    如果你的研究目标是进行广泛的虚拟筛选,并希望从大量天然产物中寻找潜在活性分子,ZINC Natural Product 可能是一个合适的选择,因为它依托于ZINC数据库的庞大资源。

    如果你希望专注于已知且具有潜力的天然产物单体,并希望快速获取实体化合物进行后续实验,L6020 Selectable Natural Compound Library 将是更直接的选择。

    如果你对天然产物的衍生物感兴趣,特别是那些经过化学修饰以提高活性或优化药代动力学的化合物,L6030 Natural Product Derivatives Library 可能更适合你的需求。


    TCM库

    详细信息:35308个化合物,时间约0.33小时,花费约400元,试剂代理商未知,需客户自找。

    特点:TCM库通常包含从中药中提取的天然化合物,这些化合物可能包括已知的活性成分或未知的新化合物。TCM库可能更注重于中药的传统应用和成分的多样性。

    适用场景:适合那些希望研究中药成分、探索中药现代化潜力或寻找具有特定中医药理论基础的活性成分的研究。


    TCMD

    详细信息:23025个化合物,时间约0.46小时,花费约550元,试剂代理商未知,需客户自找。

    特点:TCMD是一个数据库,它不仅包含中药的化学成分信息,还可能包含中药的药理作用、临床应用、配伍禁忌等综合信息。

    适用场景:适合那些需要中药成分信息以及相关药理和临床数据的研究,以及那些希望在中药研究中进行数据挖掘和系统分析的科学家。

    如果你的目标是发现新的中药活性成分,TCM库可能更合适。

    如果你需要中药的全面信息,包括药理和临床数据,TCMD可能更有帮助

    02 Dock6.9方案的数据库


    FDA库(美国FDA药品数据库)

    详细信息:2858个化合物,耗时0.4小时,花费约800元 ,试剂代理商未知,需客户自找,可在陶术生物、阿拉丁、Sigma等网站查找。

    特点:这类库通常包含已经获得FDA批准的药物分子,这些化合物已经通过了严格的安全性和有效性测试,并且在市场上可用。

    适用场景:适合那些需要研究已经批准药物的再利用、药物相互作用、药物再定位或药物安全性评估的研究。


    TargetMol Natural Product

    详细信息:4297个化合物。耗时1.2小时,价格约2400元,陶术生物代理

    特点:TargetMol提供的天然产物库专注于从自然界中提取的化合物,这些化合物可能具有生物活性,并且是药物发现的潜在候选物。

    适用场景:适合那些希望探索天然产物作为新药候选物、进行天然产物的生物活性研究或进行药物先导化合物发现的研究。

    如果你的研究处于药物研发后期需要验证和评估已知药物的药理作用或作为阳性对照,那么FDA库可能是一个更合适的选择。

    如果你的研究处于新药发现或早期筛选阶段,希望从天然产物中寻找新的药物候选分子,那么TargetMol Natural Product库将是一个更有价值的选择。

    总结

    综上所述,选择哪个化合物库取决于你的具体研究需求、预算以及化合物的可获取性。建议大家在做出决定前仔细评估这些因素。

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