• 全国 [切换]
  • 二维码
    晒展免费版

    手机WAP版

    手机也能找商机,信息同步6大终端平台!

    微信小程序

    微信公众号

    当前位置: 首页 » 行业新闻 » 热点新闻 » 正文

    从gb文件中提取基因与间隔区的序列(fasta文件)

    放大字体  缩小字体 发布日期:2024-11-14 11:21:23   浏览次数:1  发布人:48f0****  IP:124.223.189***  评论:0
    导读

    脚本:get_annotated_regions_from_gb.py 作用:将gb文件(氨基酸序列)转化为gene与intergene两个fasta文件(碱基序列)。 特性:该脚本可以对包含多物种叶绿体的gb文件进行提取(例如从ncbi批量下载得到的gb),gb文件中的所有叶绿体都会被执行相同的gene与intergene提取作业。 python get_annotated_regions_fr

    脚本:get_annotated_regions_from_gb.py
    作用:将gb文件(氨基酸序列)转化为gene与intergene两个fasta文件(碱基序列)。
    特性:该脚本可以对包含多物种叶绿体的gb文件进行提取(例如从ncbi批量下载得到的gb),gb文件中的所有叶绿体都会被执行相同的gene与intergene提取作业。

    python get_annotated_regions_from_gb.py NC_047400.gb NC_047400.gb NC_047400.gb \ -o legume.cds -t CDS --mix


    Gene sequence




    Intergene sequence




    多物种基因提取


    参考资料:
    How to assemble a target organelle genome using my own reference?

     
    (文/匿名(若涉版权问题请联系我们核实发布者) / 非法信息举报 / 删稿)
    打赏
    免责声明
    • 
    本文为昵称为 48f0**** 发布的作品,本文仅代表发布者个人观点,本站未对其内容进行核实,请读者仅做参考,如若文中涉及有违公德、触犯法律的内容,一经发现,立即删除,发布者需自行承担相应责任。涉及到版权或其他问题,请及时联系我们154208694@qq.com删除,我们积极做(权利人与发布者之间的调停者)中立处理。郑重说明:不 违规举报 视为放弃权利,本站不承担任何责任!
    有个别老鼠屎以营利为目的遇到侵权情况但不联系本站或自己发布违规信息然后直接向本站索取高额赔偿等情况,本站一概以诈骗报警处理,曾经有1例诈骗分子已经绳之以法,本站本着公平公正的原则,若遇 违规举报 我们100%在3个工作日内处理!
    0相关评论
     

    (c)2008-现在 All Rights Reserved.